· 深圳市慈善事業聯合會的最高權力機構是會員大會。會員大會下設理事會作為其執行機構，在閉會期間領導深慈聯開展日常工作；會員大會下設監事會作為其監督機構，在閉會期間依照法律法規和本會章程行使監督職責。理事會和監事會均對會員大會負責。

· 深圳市慈善事業聯合會理事會下設會長辦公會，全面領導本會日常業務工作。深慈聯會長辦公會由會長、名譽會長兼執行長、法定代表人兼副會長和秘書長組成。

· 深圳市慈善事業聯合會的日常辦事機構為秘書處，由秘書長領導，負責執行會員大會、理事會、常務理事會和會長辦公會決策事項，處理本會的日常事務。

· 深慈聯秘書處設置辦公室、會員部、發展部、信息部、培訓部和慈善服務中心六大部門，分別負責日常行政與人事財務工作、會員服務與發展工作、項目研發與實施拓展工作、信息存儲維護與對外宣傳工作、會員及行業培訓工作和慈善行業服務工作。